空调系统应能够对洁净实验室的净化等级参数进行综合控制洁净空调系统分为集中式与分散式，集中式洁净空调系统又称中央空调，所有空气处理设备（风机、粗、中、过滤器、加热器、冷却器、加湿器、除湿器和制冷机组等）都集中在空调机房内，通过输送管道将精密控制处理后的空气分配给空气末端装置，送到净化实验室里，以不同换气次数和气流形式来实现洁净实验室不同的洁净级别。这种空调系统热源和冷源集中，对空气的基本参数的调整易于实现，它处理空气量大，也便于净化参数控制，运行可靠，是目前大型集群式净化实验室的至选方式。
局部净化设备：包括风淋室、自净器、洁净工作台和电子灭菌装置等。风淋室是在洁净实验室入口处单独设置一个局部洁净室，当打开风淋室的门进入到风淋室后，经过中效和过滤器过滤的空气气流，其速率会达到≥25m/s的高速，则进入实验室的人员和设备表面附着的尘埃微粒会被吹落净化，是洁净实验室的必备设施。其他局部净化设备要根据不同的净化要求和实验室类型酌情选择。
空气处理设备一般是由空调器（AHU）、新风机组（MAU）和循环机组（RAU）组成的一整套机组，是空调净化系统常用的空气热湿交换和空气净化处理设备。适用于具有一定规模的净化实验室，但要求其他过滤器和净化装置的整体配合，投资相对较高。比较小型的实验室空气处理装备是采用分立式的小型设备组成，例如把冷暖空调机作为冷热源，对空气进行温度湿度的简单处理，然后配备风机过滤器单元（FFU）对空气进行洁净处理，是一种比较简易的净化方案。
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